Por un lado preguntás como hacer para pasar de .zip a .xo: la respuesta es como ya dijiste, es suficiente con cambiarle el nombre.
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Por otro lado preguntás cómo crear un programa empaquetado en forma de .xo:
Los Programas .xo son programas en Python, empaquetados en formato .xo. También se pueden hacer programas que estén en otros lenguajes de programación, ése es el caso de programas ya hechos en otros lenguajes que han sido transformados a .xo
Para saber más sobre el tema, hay un libro "CHUAS" muy bueno que te explica como crear programas .xo:
CHUAS = Cómo Hacer Una Actividad Sugar, Escrito por James Simmons y traducido al Español por Ana Cichero junto con otros traductores
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En realidad yo creo que esa respuesta que te dí tal vez no responde a lo que vos querías preguntar en realidad: probablemente querías saber como hacer para transformar en dos segundos un programa cualquiera en .xo. Lamentablemente no hay ninguna forma mágica de hacer eso, primero tenés que aprender sobre Python, Linux, empaquetar programas, etc etc.